基因微陣列核心實驗室簡介
 

 

基因微陣列核心實驗室簡介

微陣列分析(Microarray)首先是在 1995  年由 Patrick O. Brown 發展出來,經過這幾年技術的持續發展,再加上晶片及周邊儀器價格的逐年降低,使得微陣列分析可以廣泛地應用於生物醫學領域,如癌症、藥理、毒理學、感染、 細胞分化、發育及生殖醫學等。另可應用於疾病之診斷、分類、癒後評估。國家衛生研究院基因微陣列核心實驗室(以下簡稱本室)旨在支援本院及有餘力之下協助 與本院有學術合作交流之產業或學術研究機構之研究,以促成研究資源共享之目的。本室現有一套 Affymetrix GeneChip system,包含 GeneChip® Hybridization oven 640GeneChip®Fluidics Station 450GeneChip®Scanner 3000三大部分。Affymetrix system 為目前市面上主流且技術成熟的商業化系統。其原理是利用光罩法在矽晶片上直接合成特定序列的寡核苷酸,再以標記螢光分子的核酸與之雜交,並分 析雜交訊號以計算基因表現的強度及差異。本系統係一自動化實驗操作流程(見下圖),操作上有一定規範,故可將人為因素降至最低。

本室另提供晶片實驗相關硬體及軟體設備供院內使用者使用,詳細內內容請參考「現有設施」區。

基因微陣列核心實驗室人員

負責人員:粘書瑋

分機:33707

E-mail70813@nhri.org.tw

實驗室位置:研究大樓5F R2-5230 (點我看詳細位置)

指導PI:莊志立 研究員

基因微陣列核心實驗室所提供之公用儀器/軟體

(1) Affymetrix GeneChip system : 收費制

(2) Agilent 2100 bioanalyzer: 收費制,自帶耗材免上機費用

(3) Molecular Devices GenePix 4000B Scanner: 院內免費使用 (目前僅剩Cy3光源可用)

(4) MAUI Hybridization Chamber: 院內免費使用

(5) Partek Genomics Suite: 院內免費使用

(6) Ingenuity Pathway Analysis: 收費制

以上儀器/軟體說明可點及超連結觀看

基因微陣列核心實驗室收費標準

 

請參考收費標準網頁

操作介紹/上機須知

生物晶片服務 使用辦法

一、

使用者

 

限本院院內及與本院有學術合作交流之產業或學術研究機構,需利用微陣列分析工具從事生物醫學相關研究者。

二、

使用申請 教學影片

 

使用者請於線上系統填寫申請資料(參閱資料下載12)並將系統產生之申請單列印出來,由使用申請之研究室主持人簽名後,向本實驗室提出申請。使用相關費用由研究主持人計畫支付,優先順序原則以申請案提出之順序辦理。

院外合作之使用者第一次使用請先至"院外申請服務"網頁,建立自己的帳號資料才可進行線上預約動作。

生物晶片服務 使用辦法 > 送件方式

1.

晶片服務申請使用需於每月第三週前提出申請,並提供本室扣款相關資料發票開立後請於3個月內匯款,並回報本單位,如超過期限匯款將列入本單位黑名單每月第三週統一將晶片訂單送出,且於次月第 2 收到晶片與耗材。於確認扣款及耗材到達後便可開始進行實驗。如有報帳及扣款上之特殊需求,請事先通知。

2.

申請案通過後,使用者會接獲通知請於通知之期限內將實驗檢體送達核心實驗室,收件後會再以E-Mail回覆收件時間及檢體狀態。

3.

收件截止時間:週一至週五上午九點~下午五點。 宅急便寄送者請於周四前寄送。

4.

收件地點:

 

竹南院區:親自送達本院竹南院區研究大樓五樓 R2-5230 室。
其他院區:樣本包裹請填充2.5kg的乾冰並以低溫宅急便寄送至本院竹南院區。
地址:苗栗縣 350 竹南鎮科研路 35 號國家衛生研究院研究大樓五樓 核心儀器設施中心R2-5230 室。

5.

特別注意事項:

 

Gene expression 實驗

 

(1)

(1)

RNA 檢體之製備過程須防止 RNase 污染。RNA 檢體需溶於 RNase-free water,但不得含有 DEPC

 

(2)

建議以 Qiagen RNeasy 套組進行 RNA 分離純化;或以 TriZol 進行 RNA 分離,再以 Qiagen Rneasy 套組進行 RNA 分離及純化(見資料下載4),純化過程建議同時進行DNAse去除DNA的處理程序。

 

(3)

Prokaryotic Total RNA 檢體處理方法請參考「資料下載4」。

 

(4)

送件前建議先自行判斷樣品品質,如 OD260/OD280 ratio >=1.9 OD260/OD230 ratio >=1.8RNA 電泳圖 28S>18S(見資料下載4),送件後本室會再以 Bioanalyzer 2100 進行 QC,未過 QC 者通知使用者並退件並須收取 QC 費用。

 

(5)

檢體應保存於 -80℃,並以乾冰運送至本室。

 

miRNA expression 實驗

 

(1)

(1)

勿用一般 RNA extraction Kit 抽取 RNA,以免造成 small RNA 流失。

 

(2)

miRNA extraction 流程及建議試劑請參考「資料下載5」。

 

Cytogenesis 實驗

 

(1)

(1)

需確認 DNA 無任何汙染,no hemefrom blood)、chelating agentsEDTA)。

 

(2)

OD260/OD280 ratio 需介於 1.8~2.0OD260/OD230 ratio 需大於 1.5

 

(3)

1% agarose gel check,大約 90% DNA 需大於 10KB 以上。

 

(4)

DNA sample 注意事項請參考「資料下載六」。

6.

檢體種類與所需量:

 

RNA QC 服務

 

RNA 檢體請將濃度調整至 500ng/μl ~25ng/μl,體積為 5μl 以上並以 0.2ml PCR tube 分裝。

 

 

Gene expression 晶片服務

 

RNA 檢體請將濃度調整至 300ng/μl~100 ng/μl,體積為 10~5μl(建議值10μl)。

 

 

miRNA expression 晶片服務

 

Sample 純化,請參考「資料下載5」。

 

Total RNA: 建議為 1 μg,濃度為 125 ng/μl以上,體積為 15μl

 

Enriched LMW RNA, not quantitated: Enriched from 130ng -1000ng total RNA

 

PS:建議同一批實驗固定同一濃度 total RNA 進行 Enriched,相關 protocol 請參考「資料下載5」。

 

 

Cytogenesis 晶片服務

 

Human genomic DNA:濃度請調整至 33 ng/μl total 體積為 10μl in 1X TE buffer

 

 

基因微陣列核心實驗室成果照片

Human Transcriptome Array 2.0


 

Agilent 2100 bioanalyzer RNA QC



 

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