同步定量PCR 核酸偵測系統
 

簡介 使用規則 操作方式

ABI PRISM 7700 Sequence Detection System 聯絡人: 張雅惠 | 分機: 35321
簡介
 

ABI PRISM 7700可應用於基因定量(例如:癌症基因與免疫基因的定量、病原菌偵測、miRNA基因調控研究等)與基因型定性研究(例如:SNP與疾病關聯性等)。

基因定量的原理為同步定量PCR (Real-time quantitative PCR),即在進行PCR時同步偵測PCR產物隨著反應增加的狀況,再利用所偵測到的產物量回推樣品中原始基因之表現量。螢光標定的方式則有TaqMan、TaqMan MGB、SYBR green I等三種。上機方式有八連排管及96孔盤兩種,可依檢體數目來選擇。

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使用規則
 
  1. 使用者資格
    初次使用者需經過ABI的專業人員訓練過後,方具使用資格。違反者取消使用資格一個月;續犯者,取消其使用此機器的權利。
    初次上機者(含在它處使用過同機型者),請務必事先連絡張雅惠(分機35321)陪同上機。
     
  2. 使用者登記
    凡使用機器請在登記簿上確實記錄使用時間、聯絡分機及使用狀況,違反者記點一次。
     
  3. 預約優先制
    • 同一個人,第二個時段(12:30-15:30)和第三個時段(15:30-18:30)不能連續登記;
    • 同一個實驗室一個禮拜不能超過百分之五十的有:

      a. 第二和第三時段的預約總數;
      b.
      上班時間的時段預約;

    • 預約至多七天前,未被預約時段於3個小時前開放登記,預約者請註明登記之日期時間。
    • 上班時間請確實按照時段預約以達到最高之使用效率。
       
  4. 取消預約
    已預約的時段若需取消,最遲必須在使用前3小時取消,且須知會當週還未上機的每一位使用者,違反者記點一次。
     
  5. 準時上機
    超過預約時間30分鐘以上而尚未上機者,記點一次。
     
  6. 資料存取
    • 實驗資料請存在〝Macintoch HD〞的〝User
    • 每一次的備份資料請自〝SDS runs〞移到〝User's data〞,違反者記點一次。
       
  7. 定期磁碟清理
    每月的5日將清空前一個月〝User’s data〞內的所有資料。
     
  8. 記點達三次者,取消其使用資格一個月,累計三次終止此機器使用權。
  9. 機器不敷使用以分基組同仁為優先考量。
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操作方式
 
  1. 先開啟7700機器電源,熱機15-20分鐘,再開啟電腦。
  2. 再從MacHD 中的SDS Run f folder中確定檔案容量不要超過50 MB。
  3. 開啟桌面上SDS software。
  4. 如果反應用的上蓋是optical cap,exposure time 設定為25 msec,如為optical adhesive cover 則設定為10 msec。更改方式從” Instrument” >> “Diagnostic” >> “Advance Option” 修改Set 7700 exposure time for plate。
  5. 待”untitled” plate 出現後,確定在Setup 的畫面下選擇正確的Dye Layer (Default setting; FAM);並在下方的96孔樣品盤的表格中依序設定 ”Sample Type”,“ Sample Name” 或 ”Replicate”,所放的樣品為標準品則需輸入樣品量。
    1. 將有放樣品的位置框選並設定Sample Type:在Sample Type的欄位中按下三角形標記即出現下拉式選項清單,可在此選擇適當的Sample Type。 Ex.:NTC-No Template Control;UNKN-Unknown;STD-Standard另可選擇” Sample Type Setup” 即可設定新的樣品種類。
    2. Replicate:若此欄有輸入相同名稱者,分析軟體即辨識為重複樣品並計算其標準誤差。
    3. 有放樣品的地方一定要設定否則不會收集data。
  6. 按下Thermal cycling condition設定PCR或者RT-PCR 的條件,並輸入實際上樣PCR體積。
  7. 將樣品盤放入7700的96孔加熱槽中並將加熱蓋旋緊。
  8. 按下”Show Analysis” 即可切換至另一視窗,可及時觀察機器狀況。按下”Run”,待PCR之上蓋加熱至104度即開始進行PCR的反應。
  9. 收集的Raw data會自動存在”SDS Run f “ folder中 (按上機的時間日期排列) 。
  10. 結果收集完後, 從”Analysis” >> “Analyze” 即可自動分析並顯示出amplification Plot的視窗。此時可先將分析完的data則先進行存檔。
  11. 圈選欲分析的樣品及可分析其amplification Plot 及Muticomponent view。
  12. 最後可在Window下看到Experiment Report。
  13. 如要重新分析raw data則可Import Labview format raw data:
    1. 開啟新的plate,從File >>Import >> 將raw data import 進去。
    2. 重新設定dye set及sample type set up 。
    3. 進入show analysis的畫面, 從analysis >> analyze data 。
    4. 另存新檔即可。
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公告日:2011/03/29





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