次世代高通量 (NGS) 定序服務管理辦法
 

 

 

次世代核酸定序(NGS)服務管理辦法:

一、次世代定序(Next Generation Sequencing)是新的高通量核酸定序技術,本中心使用illumina平台。目前提供本院服務:Strand-Specific mRNA(RNAseq)、Exome RNA sequencing、16S Metagenomic(菌相分析)、Whole Genome Sequencing(Human WGS)及Whole Exome Sequencing(Human WES) 定序服務。
 
 
二、申請流程:

 

 
 
RNA Exome Sequencing
1.特殊樣本(FFPE or rar sample)定序狀況不同以及pooling處理狀況不同,無法保證上述規格表內的各項規格。
2.因樣本處理需做最多4個樣本(or less)pooling,我們能確保樣本pool上機後可以拿到total pool samples x 預定規格(ex.40M) 的結果,但無法保證每一樣本可以平均分配到其預定規格(ex.40M)以上。 
 
 
WES規格
 
1.Exome Sequencing (Human, 67.3Mb Exome, 100X Coverage at Raw data level, 75X Average On-target Coverage,Raw data base >7 G)**
2.Exome Sequencing (Human, 67.3Mb Exome, 200X Coverage at Raw data level, 150X Average On-target Coverage,Raw data base >14 G)**
3.Exome Sequencing (Human, 67.3Mb Exome, 300X Coverage at Raw data level, 225X Average On-target Coverage,Raw data base >21 G)**
**Note: The On-target Coverage Depth is calculated based on an average of 75% on-target sequencing reads, thus the actual on-target percentage may vary.
 
 
 
三、送件須知:
 
RNAseq & Exome RNAseq
■ RNA的量:
*≧5ug of total RNA, concentration>0.2ug/ul
■ RNA的品質:
*RIN>7, rRNA ratio>1.5
*OD260/OD280 1.8~2.2 OD260/OD230≧1.5
■ 取樣時須注意:
*收細胞時勿用PBS wash及 Trypsin處理,請直接使用Trizol
*細胞樣本要避免含有細菌DNA(被細菌黴漿菌污染)
*為避免genomic DNA殘留,請以DNase處理檢體
 
Meta-16S
■ DNA的質與量:
*DNA integrity>10kb, amount >500ng, ≧10ng/ul,請附agarose gel圖
*OD260/OD280 1.8~2.0 OD260/OD230≧1.2
*避免DNA degrade
■ 標示細菌DNA之樣本來源,例如為糞便取樣或組織液取樣
■ 糞便取樣須注意:
   *糞便採取後以冷藏或冷凍保存,或使用糞便專用保存盒,避免菌相改變。
 
WGS(human)
■ DNA的質與量:
*gDNA樣本,樣本總量至少需2ug, 樣本濃度需大於60ng/μl(以Qubit數值為準)
*溶於TE buffer(10 mM Tris-Cl, pH 8.0. 1 mM EDTA) 或Tris Buffer (eg.10mM Tris-HCl at pH 8.0-8.5)
*260/280=1.8-2.0;260/230> 1.7。
■ 送樣時請附上1%電泳圖,確認genomic DNA無degradation造成的smear或是未去除的RNA。最好註記DNA萃取或濃縮之方法以資參考。
■ 定量DNA時Nanodrop 或其他UV 吸收光譜儀會受到 ssDNA, RNA and oligos的干擾,常會高估樣本濃度,建議以Invitrogen的Qubit螢光定量, 最好能採 PicoGreen 法定量樣本濃度。
 
WES(human)
■ DNA的質與量:
*gDNA樣本,樣本總量至少需2ug, 樣本濃度需大於60ng/μl(以Qubit數值為準)
*溶於TE buffer(10 mM Tris-Cl, pH 8.0. 1 mM EDTA) 或Tris Buffer (eg.10mM Tris-HCl at pH 8.0-8.5)
*260/280=1.8-2.0;260/230> 1.7。
■ 送樣時請附上1%電泳圖,確認genomic DNA無degradation造成的smear或是未去除的RNA。最好註記DNA萃取或濃縮之方法以資參考。
■ 定量DNA時Nanodrop 或其他UV 吸收光譜儀會受到 ssDNA, RNA and oligos的干擾,常會高估樣本濃度,建議以Invitrogen的Qubit螢光定量, 最好能採 PicoGreen 法定量樣本濃度。
 
 
四、收費標準:
1.樣本QC檢測費:院內RNAseq每個樣本每次收費280元。收費比照微陣列核心實驗室之RNA品質檢定標準。急件處理採整片晶片收費(2240元/12個樣本)
2.NGS實驗:院外大量或院內收費標準請與本中心服務人員洽談

 

 

公告日:2017/09/01





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