次世代高通量 (NGS) 定序服務管理辦法
 

 

 

次世代核酸定序(NGS)服務管理辦法:

一、次世代定序(Next Generation Sequencing)是新的高通量核酸定序技術,本中心使用illumina平台。目前提供本院服務:Strand-Specific mRNA(RNAseq)、Exome RNA sequencing、16S Metagenomic(菌相分析)、Whole Genome Sequencing(Human WGS)及Whole Exome Sequencing(Human WES) 定序服務。
 
 
二、申請流程:

 

 
 
 
 
三、送件須知:
 
RNAseq & Exome RNAseq
■ RNA的量:
*≧5ug of total RNA, concentration>0.2ug/ul
■ RNA的品質:
*RIN>7, rRNA ratio>1.5
*OD260/OD280 1.8~2.2 OD260/OD230≧1.5
■ 取樣時須注意:
*收細胞時勿用PBS wash及 Trypsin處理,請直接使用Trizol
*細胞樣本要避免含有細菌DNA(被細菌黴漿菌污染)
*為避免genomic DNA殘留,請以DNase處理檢體
 
Meta-16S
■ DNA的質與量:
*DNA integrity>10kb, amount >500ng, ≧10ng/ul,請附agarose gel圖
*OD260/OD280 1.8~2.0 OD260/OD230≧1.2
*避免DNA degrade
■ 標示細菌DNA之樣本來源,例如為糞便取樣或組織液取樣
■ 糞便取樣須注意:
   *糞便採取後以冷藏或冷凍保存,或使用糞便專用保存盒,避免菌相改變。
 
WGS(human)
■ DNA的質與量:
*gDNA樣本,樣本總量至少需2ug, 樣本濃度需大於60ng/μl(以Qubit數值為準)
*溶於TE buffer(10 mM Tris-Cl, pH 8.0. 1 mM EDTA) 或Tris Buffer (eg.10mM Tris-HCl at pH 8.0-8.5)
*260/280=1.8-2.0;260/230> 1.7。
■ 送樣時請附上1%電泳圖,確認genomic DNA無degradation造成的smear或是未去除的RNA。最好註記DNA萃取或濃縮之方法以資參考。
■ 定量DNA時Nanodrop 或其他UV 吸收光譜儀會受到 ssDNA, RNA and oligos的干擾,常會高估樣本濃度,建議以Invitrogen的Qubit螢光定量, 最好能採 PicoGreen 法定量樣本濃度。
 
WES(human)
■ DNA的質與量:
*gDNA樣本,樣本總量至少需2ug, 樣本濃度需大於60ng/μl(以Qubit數值為準)
*溶於TE buffer(10 mM Tris-Cl, pH 8.0. 1 mM EDTA) 或Tris Buffer (eg.10mM Tris-HCl at pH 8.0-8.5)
*260/280=1.8-2.0;260/230> 1.7。
■ 送樣時請附上1%電泳圖,確認genomic DNA無degradation造成的smear或是未去除的RNA。最好註記DNA萃取或濃縮之方法以資參考。
■ 定量DNA時Nanodrop 或其他UV 吸收光譜儀會受到 ssDNA, RNA and oligos的干擾,常會高估樣本濃度,建議以Invitrogen的Qubit螢光定量, 最好能採 PicoGreen 法定量樣本濃度。
 
 
四、收費標準:
1.樣本QC檢測費:院內RNAseq每個樣本每次收費280元。收費比照微陣列核心實驗室之RNA品質檢定標準。急件處理採整片晶片收費(2240元/12個樣本)
2.NGS實驗:院外大量或院內收費標準請與本中心服務人員洽談

 
公告日:2017/09/01





◆地址:苗栗縣竹南鎮350科研路35號 ◆Tel :037-246166 ext.33705 ◆Fax:037-586674  ◆Mail:seqcore@nhri.org.tw
Copyright © 2010 核心儀器設施中心 核酸定序核心實驗室 實驗室管理與操作者:蘇特立(分機:33705)。